O parque situa-se em uma área aproximada de 910 Km²  descontínuos do litoral sul da Bahia, dentro de um conjunto de recifes de corais, ilhas vulcânicas, manguezais e canais de maré. A maior área abrange o Parcel e o Arquipélago de Abrolhos a 36 milhas náuticas da costa, 66 Km aproximadamente, em seu ponto mais próximo à cidade de Caravelas e 70 Km da cidade de Nova Viçosa.

O Arquipélago é formado pelas ilhas de origem vulcânicas Redonda, Siriba, Sueste, Guarita e a ilha de Santa Bárbara, a maior e a única habitada, que está excluída do Parque pois sua jurisdição e controle estão a cargo do Ministério da Marinha.

Registra-se o aparecimento de baleias da espécie Jubarte, golfinhos, tartarugas e uma infinidade de peixes.

É um dos destinos mais procurados a partir de Nova Viçosa. A bordo de uma traineira adaptada para passeios ecoturísticos chega-se a pequena vila de antigos pescadores com suas casinhas brancas. O trajeto de barco inclui a travessia do estuário do rio Peruipe avistando-se ao longe a cidade de Nova Viçosa, a barra com seus bancos de areia e o canal de navegação. O caminho fluvial se estreita próximo ao povoado, que fica do lado oeste, onde é possível avistar a população de caranguejos e ostras que tomam conta do manguezal. Há também uma rica variedade de aves.

A pintura vermelha do farol a atenção dos navegadores. A paisagem marinha é das mais fascinantes. Desde longe, é possível avistar as coroas de areia muito brancas, as manchas escuras submersas dos recifes de corais e, a pequena ilha de 1,5 metro de altitude, perdida na imensidão azul do Atlântico, a aproximadamente 12Km da costa de Nova Viçosa.

Ilha arenosa, a Coroa Vermelha é o topo de um antigo recife de coral. Próxima ao farol, uma solitária amendoeira se destaca na paisagem de vegetação característica de restinga e raras espécies de mangue.

Fundada por colonizadores suíços, alemães e franceses esse distrito é também berço da história de Nova Viçosa e já completou 150 anos. Antigo quilombo tornou-se um dos primeiros redutos da resistência negra de descendência africana. Até hoje as raízes culturais africanas são percebidas nos dialetos, festas, danças e comidas. Já recebeu a visita do líder africano Nelson Mandela. Vale a pena conhecer também em Helvécia a antiga estação ferroviária.

Um verdadeiro complexo hídrico / ecológico onde um emaranhado de rios, lagoas e braços de mar misturam suas águas às margens de uma das maiores áreas de manguezal da Bahia. A ilha Cassumba consegue reunir em seu território de 24 Km de comprimento por 5 Km de largura, diversos ecossistemas entre restinga, cerrado, manguezais, recifes de coral e Mata Atlântica.

Navegável em todo o seu estuário, desde o canal principal até os do manguezal e braços de mar, em barco, lancha ou canoa, o rio Peruipe recebe próximo à foz, as águas dos rios Pituaçu, Pau Alto, Marobá e de inúmeros riachos formando um emaranhado de caminhos aquáticos. O principal deles liga o Peruipe ao rio Caravelas atravessando o extenso manguezal da ilha Cassumba.

A paisagem varia a partir da foz do rio Peruipe, passando pelos canais de mangue, pequenas vilas, comunidades ribeirinhas, sítios e coqueirais até alcançar o rio Caravelas no município do mesmo nome.